El propósito de las pruebas microbiológicas es identificar y restringir los microorganismos dañinos, que pueden estropear los alimentos, o transmitirse a través de ellos, y garantizar la inocuidad frente a las enfermedades transmitidas por estos.

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Esto significa que los responsables (o el equipo de control de calidad en una instalación) deben establecer un procedimiento de prueba exhaustivo para identificar todas las posibles amenazas, que pueden conducir a uno de los dos resultados: patógeno no detectado o detectado.

Para esto, antes de realizar una prueba de microbiologica, el analista debe conocer la necesidad, el propósito y las expectativas principales subyacentes a la prueba junto con la certeza prevista de identificar un problema y los posibles resultados que pueden surgir del ensayo realizado.